Mediocampista que milita con el Barcelona desde niño. Nació en Monterrey pero partió junto con su hermano Giovani al club catalán. Obtuvo el pasaporte español en la campaña 2008-2009, lo que le permitió jugar con el primer equipo sin ocupar plaza de extranjero.
Debutó con el primer equipo el 9 de septiembre de 2008, en la semifinal de la Copa Catalunya contra el U. E. Sant Andreu, entró en el minuto 75. Está en el primer equipo desde la campaña 2009-2010.
Jugó seis partidos en la pretemporada de la campaña 2009-2010 con el Barcelona, siempre entrando en la parte complementaria, y su debut oficial fue el 28 de octubre de 2009, en partido de la Copa del Rey contra Cultural Leonesa.
Se dudaba que Jonathan jugara para la Selección Mexicana debido a su doble nacionalidad y a algunos malentendidos cuando estaba en selecciones con límite de edad, pero Javier Aguirre lo convocó a finales de 2009.
Su primer partido con el Tri fue el 30 de septiembre de 2009, fue titular y mostró buenas cosas en 72 minutos, repitió en los juegos del 3 y del 17 de marzo de 2010, contra Nueva Zelanda y Corea del Norte.
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Simbología JJ = Juegos Jugados
MIN = Minutos Jugados
GOL = Goles
AG = Autogoles
ASIS = Asistencias
AMA = Tarjetas Amarillas
EXP = Expulsiones
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